마. 재건축조합원의 소득세 계산절차요약
            총 수 입 금 액
      (-)  필 요 경 비
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          재건축조합의 사업소득금액
     (+)  조합원의 재건축사업소득을
         제외한 다른 종합소득금액
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          소 득 금 액
       x  세       율
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          산 출 세 액
      (-)  세 액 공 제
      (-)  세 액 감 면
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          결 정 세 액
      (+)  가  산   세
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          총 결 정 세 액
      (-)  기 납 부 세 액
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          자 진 납 부 세 액
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사. 사업소득세의 신고시기 및 납부절차
  재건축조합의 일반분양분 수입시기는 대금을 청산한 날이 된다. 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전에 관한 등기 또는 등록을 하거나 당해 자산을 사용·수익하는 경우에는 그 등기․등록일 또는 사용수익일로 한다. 그러므로, 대부분의 조합의 사업소득세는 입주 후 다음해 5월에 신고하게 된다.
  소득세는 개인의 소득을 종합소득·퇴직소득·양도소득·산림소득으로 구분하여 각 소득별로 1년을 단위로 과세하는 세금이며, 이 중 종합소득은 이자소득, 배당소득, 부동산임대소득, 사업소득, 근로소득, 일시재산소득, 기타소득을 합하여 산정한다. 재건축조합의 일반분양사업은 사업소득에 해당하며, 각 조합원의 사업소득은 종합소득 중 하나이므로 각 다른 종합소득과 합산하여 세액이 산출된다. 직장에 근무하는 조합원인 경우 본인의 근로소득과 재건축조합의 사업소득이 종합소득이므로 근로소득과 조합의 사업소득을 합산하여야 한다.

2. 법인세(2003.7.1 이후 설립된 재건축조합에 적용)

   가. 법인세의 납세의무
  도정법 제18조에 의하면 조합은 법인으로 하여야 하며, 조합은 조합설립인가를 받은 날부터 30일 이내에 주된 사무소소재지에 등기함으로써 성립한다.
그러므로 도정법 시행이후에 설립된 재건축조합은 법인세법이 적용된다. 다만, 2003.9월 조세특례제한법의 개정(안)에 따르면 2003.6.30일 이전 조합설립인가 받은 조합은 법인으로 등기를 하더라도 법인세법의 적용이 유예되었다. 즉 2003.6.30일 이전에 재건축조합설립인가를 받은 재건축조합은 종전대로 소득세법을 적용하며, 조합의 선택에 따라 법인세법의 적용도 가능하다.

   나. 법인의 종류 및 수익사업의 범위
재건축조합은 일반분양분의 수익사업과 조합원분양분의 비수익사업이 동시에 존재하게 된다. 조합원 분양분에 대해 수익사업으로 볼 것인지의 여부에 대해서는 한시적으로 2008년까지는 비수익사업으로 보는 것으로 세법개정안이 확정되었다.

*조세특례제한법 제104조의7 【정비사업조합에 대한 과세특례】 2항
도정법 제18조의 규정에 의하여 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대하여는 법인세법 제1조의 규정에 불구하고 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지는 비영리내국법인으로 보아 법인세법(동법 제29조의 규정을 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서의 규정을 적용받는 경우에 한한다. (2003. 9. 19 신설안)

다. 수익사업과 비수익사업의 구분기장
  재건축조합의 일반분양에서 생기는 수익사업과 조합원의 주택 등을 건설하는 고유목적사업에서 생기는 비수익사업을 구분 경리하여야 한다. 구분경리의 대상이 되는 사업 또는 소득에 귀속되는 자산·부채가 개별적으로 파악이 가능한 경우 법인은 이를 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분 기장하여야 한다.
정비사업조합의 수익사업에 속하는 자산과 부채란 일반분양수입을 획득하기 위하여 직접 생산 활동에 공하거나 용역을 제공하는 자산과 수익사업소득을 발생시키는 원천에 직접 또는 간접으로 관련하여 발생하는 부채를 말한다.
  수익사업과 비수익사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 전부 수익사업에 속하는 것으로 보며 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함)의 합계액을 공제하여 수익사업의 자본금을 계산한다.
  특정의 수익·비용이 구분하여야 할 사업이나 소득 중 어느 원천에서 발생하였음이 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금이라 하며 그 발생원천이 불분명한 수익 또는 비용을 공통손금 또는 공통익금이라 한다. 공통손익금은 구분경리의 대상이 되지 아니하여 사업연도 중에는 이를 사업별로 구분하지 아니하고 하나의 계정과목에 합계 기장하였다가 결산시 구분계산의 방법에 따라 수익사업 및 비수익사업에 각각 귀속시켜야 한다.

    라. 총익금
  재건축조합이 주택과 상가를 일반에게 분양하는 사업은 수익사업이다. 즉 조합의 총익금은 일반에게 분양하는 상가 및 주택의 분양대금이다.
조합의 총익금은 아래 표에서 (B), (C), (E), (F)의 분양대금이다.

   마. 총손금
  재건축조합의 총손금은 크게 토지가액과 공사도급금액으로 대별되며, 내용은 다음과 같다.
  (1) 토지가액
  일반분양분에 해당하는 토지의 원가는 일반분양수입에 대한 각 사업년도 소득금액에 대한 법인세에 크게 영향을 미친다.
  재건축조합의 소득금액 계산시 일반분양 수입금액에 대응하는 토지가액은 조합원들이 재건축조합에 현물출자한 시기를 토지취득시기로 보아 적용한다. 그러므로 취득가액은 현물출자 당시의 가액으로 하는 것으로서 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 당해 감정가액으로 계산하며, 감정가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제61조 (개별공시지가)에 의하여 평가한 가액으로 한다.

  (2) 토지가액
  총익금에 대응하는 건축비 상당액은 전체공사도급금액 중 일반분양분에 해당하는 건축비상당액을 안분 계산한다.

   바. 세율
 법인세 산출세액이란 법인세 과세표준금액에 세율을 적용하여 계산한 금액을 말한다.

과 세 표 준   -   세   율
1억원이하     -   과세표준의 15/100
1억원초과     -   1천500만원 + 1억원을 초과하는 금액의 27/100

   사. 수입시기 및 작업 진행률
  법인세법이 적용이 되면 공사의 진행정도에 따라 매년 일부씩 나누어서 소득이 발생한다. 조합의 아파트나 상가를 일반분양하는 분은 예약매출에 해당하므로 건설․제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출 포함)의 수입금액은 당해 건설등의 계약기간에 따라 다음과 같이 세무 조정한다.
  여기서 계약기간이라 함은 목적물의 건설 등에 착수한 날부터 인도일까지의 기간을 말한다.

   (1) 계약기간이 1년 미만인 경우(계약시부터 입주시까지)
  그 목적물의 인도일 또는 용역제공을ㄹ 완료한 날이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우에는 인도기준으로 세무조정 할 수 없다. 재건축조합의 경우에 일반분양의 주택의 경우 계약일부터 입주일까지 1년 이상의 기간이 소요될 것이므로 입주하는 해에 한꺼번에 수익을 인식하는 방법은 거의 없을 것으로 보인다.

   (2) 계약기간의 1년 이상인 경우
  작업진행률을 기준으로 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.

   (3) 작업진행률의 계산
  작업진행률에 의한 수입금액 계산방법은 법인세법 시행규칙 제34조에 따라 아래와 같이 산정한다.

-익금=계약금액×작업진행률-직전사업연도말까지 익금에 산입한 금액
*작업진행률=`당해사업연도말까지발생한총공사비누적액/총공사예정비
-손금-당해 사업연도에 발생한 총비용

  참고로 재건축조합에 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 불충분하여 실제로 소요된 총공사비 누적액을 확인할 수 없는 경우에는 인도기준으로 손익을 계산할 수도 있다.

3. 부가가치세
  부가가치세는 상품의 거래나 서비스의 제공과정에서 발생하는 세금이므로 인격이 개인에서 법인으로 변동(재건축조합만 변경됨)이 되더라도 부가가치세의 산정에는 변동이 없다.
가. 부가가치세 개념
  부가가치세는 상품(재화)의 거래나 서비스(용역)의 제공과정에서 얻어지는 부가가치(이윤)에 대하여 과세하는 세금이며, 사업자가 납부하는 부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 차감하여 계산한다.

부가가치세액 =    매출세액    -     매입세액
                (매출액×세울)    (매입시 부담한 세액)

따라서 부가가치세는 물건을 사면서 부담한 세금과 팔면서 다른 사람으로부터 받은 세금과의 차액만을 일정기간별로 계산하여 내는 것으로 결국은 최종소비자가 부담하는 것이기 때문에 소득세와 같이 사업자가 얻는 수입 중에서 내는 세금은 아니다.

나. 일반분양분에 대한 부가가치세 납세의무
  부가가치세법상의 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고, 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말하며, 이러한 납세의무자에는 개인, 법인(국가·지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격 없는 사단, 재단 기타 단체를 포함하고 있다.
  영리를 목적으로 하지 아니하는 사업자라 할지라도 과세대상인 재화 또는 용역의 공급에 부가가치세를 납부하도록 함으로써 최종소비자에게 전가하여 부담한다. 조합은 일반분양분에 대해서는 최종소비자인 일반분양자에게 부가가치세를 전가하여 부담시키므로 부가가치세의 납세의무가 있는 것이다.

다. 일반분양분에 대한 부가가치세 산정
(1) 매출부가가치세
  재건축조합이 조합원에게 공급하는 주택에 대해서는 재화의 공급으로 보지 않는다. 재건축조합원에 공급하는 부분이 재화에 공급으로 보지 않는다는 부분은 최근 조세특례제한법 개정시 명문화 되었다(조세특례제한법 제104조의7 3항). 부동산 중 토지를 공급하는 것은 부가가치세가 면제된다(부가가치세법 제12조제1항제12호). 또한 국민주택 이라함은 세대당 주거전용 면적이 85㎡(약 25.7평)이하인 상시주거용 주택을 말한다(주택법시행령 제3조)

*조세특례제한법 제104조의7 【정비사업조합에 대한 과세특례】 3항
정비사업조합이 도정법에 당해 정비사업에 관한 공사를 완료한 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한한다. 이하 이조에서 같다)은 부가가치세법 제6조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다.(2003. 9. 19 신설안)

(2) 매입부가가체시의 안분계산
  조합원에게 공급되는 건축물에 대해서는 부가가치세 매입세액은 공제되지 않는다. 그리고 일반분양분의 건축비의 매입세액은 국민주택규모 이상의 주택 및 상가에 한하여 매입세력의 공제를 받을 수 있다.

  건물을 신축 또는 취득하여 과세사업자 면세사업에게 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정 사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사업면적의 비율로 매입세액불공제액을 산정하고, 사용면적이 확정되는 때에는 정산하여야 한다.
◦ 공사비에 대한 공제대상매입세액(공사비, 설계비)

=공사비 매입 세액×

국민주택의 건설용역이 부가가치세법상 면세이므로 시공사에서 조합에 공사비를 청구할 경우 국민주택규모 이하분에 대하여는 세금계산서를 교부하지 아니하고 부가가치세가 없는 계산서만을 교부하므로 조합의 입장에서 공사비 매입세액은 국민주택규초과주택 및 일반분양상가분에 대하여만 지급된다.
◦ 공사비외의 건축비(감리비 등)에 대한 공제대상매입세액
=공통 매입 세액 ×

◦ 기타경비(사무실유지비용 등)에 대한 공제대상매입세액
공제대상금액은 일반분양분 대상 중 국민주택규모 초과 건물분 공급가액 해당분만 매입세액을 공제한다. 따라서 1차는 총 예정사용면적으로 조합 및 일반분양분을 구분하고, 2차는 총예정공급가액으로 건물 및 토지가액을 안분 계산한다.

◦ 일반분양분 관련매입세액(광고선전비 등)에 대한 공제대상매입세액
매입세액 중 일반분양분에 대하여만 사용된 매입비용에 대하여 국민주택규모초과분 중 건물분에 대하여만 매입세액을 공제한다. 전체일반분양금액 중 건물분에 해당하는 공급가액으로 안분 계산한다.

마. 재건축조합의 부가가치세 요약

바. 재건축조합의 조합원에 부가가치세 부담
(1) 시공자가 부담할 부가가치세
  시공자는 조합에 제공하는 건설용역에 대해서는 국민주택규모 초과분과 상가에 대해서는 조합원귀속분 여부를 불문하고 부가가치세를 납부하여야 한다.

(2) 조합과 조합원간의 부가가치세 징수여부
  부가가치세의 최종부담자는 부가가치세제도의 법리상 최종소비자가 된다. 따라서 조합과 시공자간에 특별한 약정이 없는 한 국민주택규모를 초과하는 주택을 분양받는 조합원은 건축비에 포함된 부가가치세(매입세액)의 최종부담자가 되고 일반분양하는 주택 중 국민주택규모를 초과하는 주택과 상가 등 부속시설은 그를 분양받는 자가 최종적으로 부가가치세를 부담한다.
  조합은 시공자에 지급한 매입세액 중 국민주택규모를 초과한 일반분양분에 대해서는 매출부가가치세에서 공제가 되지만 국민주택규모 초과한 주택 중 조합원 귀속분에 대해서는 매입세액이 공제되지 않고 당해 조합의 공사원가를 구성한다. 그러므로 국민주택규모 초과에 입주하는 조합원이 부담하는 부가가치세는 명목상은 부가가치세이나 실질적으로는 조합의 공사원가를 부담하는 것이다.

(3) 건축비원가 부담에 해당하는 부가가치세의 분배
  국민주택규모 초과에 입주하는 조합원이 부가가치세에 해당하는 공사원가를 부담하지 않으면, 결국은 당해 원가는 조합원전체가 부담을 하여야 하는데 국민 주택 이하에 입주하는 세대가 매입세액불공제액에 대한 원가를 부담하는 것은 타당하지 않다고 본다. 국민주택규모 초과에 입주하는 조합원이 국민주택규모 이하에 입주하는 조합원에게 당해 원가를 전가시키는 결과를 가져오므로 부가가치세에 대해 적절한 고려가 필요하다.

(4) 상가조합원과 부가가치세
  조합이 공급받는 건설용역 중 상가부분에 대해서는 부가가치세를 부담한다. 상가 중 일반분양분은 당연히 매입세액의 공제가 가능하다. 그리고 조합원분양분은 상가조합원이 시공자로부터 공동으로 매입하는 경우에 해당하여 매입세액을 공제받을 수 있다(부가가치세법 시행규칙 제18조제2항 참조).
  재건축조합이 시공자 등으로부터 교부받은 세금계산서상의 공급가액의 범위내에서 실제로 당해 건설용역을 공급받는 조합원(관리처분에 의해 상가를 분양받은 조합원)에게 당해 조합원이 부담한 현금․토지 등의 비용을 기준으로 세금계산서를 교부할 수 있는 것이며, 조합원은 당해 매입세액이 자기의 과세사업과 관련된 경우에는 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것이다(부가46012-1857 1996.9.7)

(5) 부가가치세 부담에 대한 대법원의 판례
  그동안 부가가치세의 부담주체에 대하여 그동안 조합과 시공자간에 많은 분쟁이 있었으나 다음의 대법원판결문에서는 당사자간의 약정에 의하여 부담의 주체를 정하도록 하고 있다.
  공사(工事)업자가 재건축조합과의 사이에 체결한 공사도급계약에 따라, 국민주택규모를 초과하는 조합주택을 신축하는 건설용역을 공급한 경우 그 공사업자는 부가가치세 납부의무를 부담하는 것이므로 그 용역을 공급받는 자인 재건축조합측으로부터 부가가치세를 징수할 수 있다 할 것이고 다만, 그 부가가치세를 최종적으로 누가 부담할 것인가는 공사업자, 재건축조합, 조합원사이의 약정에 의하여 정하여 질 수 있는 문제로서, 재건축조합이 조합주택을 조합원에게 분양할 경우 주택의 규모와 상관없이 이를 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급으로 보지 아니한다고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2002. 6. 28 선고 2000다21079 판; 부당이득금반환).