4. 조합원의 양도소득세
가. 개요
  재건축은 취득 및 양도시기에 따라서 과세되는 경우와 비과세되는 경우가 매우 다양하고 복잡하다. 특히 재건축 종료 후에 양도하는 경우 양도차익의 산정방법이 2003.1부터 개정되었으므로 유의하여야 한다.

나. 조합원의 소유형태별 과세여부

상기 표상에서 서울과 수도권 5개 신도시(분당·일산·평촌·산본·중동), 과천 지역의 경우에는 3년 이상 보유하는 요건에 “2년 이상 거주”(2004년부터는 1년이상 거주에서 2년이상거주로 거주요건이 강화됨)하여야 하는 조건까지 총족하여야 비과세 된다는 점에 특히 유의하여야 한다.

(1) 1주택자의 경우
1) 비과세
  재건축 사업시행인가일 현재, 1세대 1주택으로 3년 이상 보유 요건을 만족한 조합원은 그 주택을 이후 어느 시점에 매각하다라도 양도 당시에 다른 주택이 없으면 양도소득세를 내지 않는다.
  그리고 서울과 수도권 5개 신도시(분당․일산․평촌․산본․중동) 및 과천지역의 재건축조합원의 경우 사업시행인가일 현재 1세대 1주택으로 3년 이상 보유하는 요건에 “2년 이상 거주”하여야 하는 조건까지 추가로 충족하여야 비과세된다.
물론 이 조합원은 관리처분계획 인가일 또는 사업시행인가일, 그 전에 기존 주택을 철거하는 경우에는 그 철거일 현재 1세대 1주택으로 3년 이상 그 주택을 보유하는 조건을 갖춰야 한다.

2) 과 세
  조합원이 1세대 1주택자라 하더라도 사업시행인가일 현재 3년 보유 요건이 안되면, 매각 시점에 신중을 기해야 한다. 그 주택을 취득한지 3년이 되는 시점이 재건축 아파트 공사기간 중이라면, 분양권 매도시에 양도소득세를 내야 한다. 또한 공사기간 중에 매각을 한다면 매각시점에서 다른 주택이 있다면 양도소득세가 과세된다.

(2) 2주택자의 경우
1) 과 세
  사업시행인가 시점에서 2개 이상의 주택을 소유하고, 그 중 재건축 대상 주택을 파는 경우에는 어떠한 경우라도 양도소득세를 내야 한다.

2) 비과세
  2개의 주택 중 재건축 대상이 아닌 주택을 재건축 공사 중에 매각할 경우 그 주택이 매각 당시 3년 이상 보유하고 있었다면 양도소득세가 비과세된다. 그리고 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 멸실하고 재건축 중에 새로운 주택을 취득한 후 새로운 주택을 취득한 날부터 1년 내에 재건축한 주택(준공이후)을 양도하는 경우 비과세된다.
  이 경우에도 서울과 수도권 5개 신도시(분당․일산․평촌․산본․중동) 및 과천지역의 재건축조합원의 경우 다른 주택은 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주하여야 한다(2004년부터는 1년이상거주에서 2년이상 거주로 거주요건이 강화됨).
  그리고 재건축사업 시행기간 중 다른 주택을 취득하여 거주하다가 재건축된 주택으로 세대전원이 이사하게 되는 경우에는 1년 이상 거주한 경우에는 보유기간이 3년이 되지 않더라도 비과세 된다(소득세법시행규칙 제71조2항).

다. 양도소득세 계산
(1) 장기보유특별공제
  부동산을 취득할 수 있는 권리부분은 적용하지 않는다. 또한 기존부도안의 보유기간은 기존부동산의 취득일부터 사업시행인가일까지의 기간을 보유기간으로 적용한다.

(2) 양도소득시본공제
  부동산을 취득할 수 있는 권리부분과 기존 부동사 부분에 대한 양도소득금액을 합한 후 1인당 연 2,500,000원을 공제한다.

(3) 세율적용
  기존부동산의 취득일로부터 입주권양도일까지의 보유기간을 계산하여 해당세율을 적용한다. 2003년의 경우 1년 미만 보유한 경우는 36%의 단일세율을 적용하며, 1년 이상을 보유한 경우는 다음의 세율을 적용한다.

<1년 이상 보유한 경우>

  세법개정안에 따르면 2004년부터는 1년 미만 보유한 경우는 50%의 단일세율을 적용하며, 1년이상 2년미만보유는 40%단일세율을 적용하고, 2년이상보유는 상기 표와 같이 9～36%의 세율을 적용한다.

라. 공사기간 중 매각하는 경우에 양도소득세 산정방법
  공사기간중에 조합원지분을 양도하는 것은 기존부동산의 양도와 분양권의 프리미엄을 양도하는 것으로 본다. 조합원지분의 양도에 대해서는 소득세법시행령 제166조에 양도차익의 산정방법을 규정하여 적용하도록 하였다.
(1) 양도차익
  양도차익의 산정은 분양권 프리미엄에서 발생한 이익과 부동산의 양도차익을 합하여 계산한다.
  분양권 양도차익 = 분양권 프리미엄 + 기존 부동산 양도차익

(2) 계산방법
1) 청산금을 납부한 경우
[양도가액-(기존주택과 그 부수토지의 평가액+납부한 청산금)-필요경비] + [(기존주택과 그 부수토지의 평가액-기존주택과 그 부수토지의 취득가액)-필요경비]

2) 청산금을 지급받은 경우
[양도가액-(기존주택과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-필요경비] + [(기존주택과 그 부수토지의 평가액-기존주택과 그 부수토지의 취득가액-필요경비)×(기존주택과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존 주택과 그 부수토지의 평가액]
  상기의 산식에서 기존주택과 그 부수토지의 평가액은 도정법에 의한 관리처분계획에 의하여 정하여진 가격을 말하며 그 가격이 변동되는 때는 변경된 가격에 의한다. 또한 기존주택 및 그 부수토지의 취득가액은 실지취득가액을 말하나, 그 취득가액을 알 수 없는 경우에는 주택과 부수토지의 평가액을 다음과 같이 환산한 가액을 그 취득가액으로 한다.

                           취득일 현재 기존주택의 기준시가 및
기존주택과                     토지의 공시지가
그 부수토지   + -----------------------------------------
의 평가액        관리처분계획 인가일 또는 사업시행인가일 현재
                         주택의 기준시가 및 토지의 공시지가

마. 공사기간 종료 후 매각하는 경우에 양도소득세 산정 방법
  2003.1.1 이후 양도분 부터는 아래와 같이 단계별로 구분하여 양도소득세를 산정하도록 개정이 되었다.
재건축으로 오나공된 신축주택은 그 유형과 사례가 매우 다양하고, 구부동산, 국(시)유지, 청산금 등 다수의 취득시기 존재, 입체환지의 개념 등으로 기준시가에 의한 양도차익 계산방법이 매우 복잡하여 이를 단순화하고 법령에 명확히 규정한 것이다.

(1) 양도차익
양도차익 = 종전부동산의 양도차익 + 대지권의 양도차익 + 신축아파트의 양도차익

(2) 계산방법
종전부동산 취득시부터 재개발·재건축 후 양도시까지의 자산별
(① 종전부동산 → ② 종전토지(대지권) → ③ 신축아파트) 양도차익을 계산하여 합산과세

종전부동산취득일      관리처분계획인가일등       준공일      양도일
-----▲--------------------▲----------------▲---------▲--
                 ①                      ②              ③
            종전 부동산           종전토지(대지권)     신아파트
             (부동산)                 (부동산)          (부동산)

① 취득일 ～ 관리처분계획인가일등까지의 종전 부동산 양도차익
○ 양도차익=(관리처분계획인가일등 현재의 기준시가) - (취득일 현재의 기준시가) - (취득당시 기준시가×3%)
② 종전토지(대지권)의 양도차익
○  양도차익 = (준공일 현재 종전토지 기준시가) - (관리처분계획인가일등 현재 종전토지 기준시가)
※ 관리처분인가일등으로부터 준공일까지의 토지부분만 양도차익 계산(건물은 멸실되어 과세불가)
③ 신축 아파트 양도차익
○ 양도차익 = (양도일 현재의 아파트 기준시가) - (준공일 현재의 아파트 기준시가) - (필요경비)