5. 취득세와 등록세
  도정법의 시행에도 불구하고 단기적으로 지방세법상의 취득세와 등록세의 세부담은 변화가 없을 것으로 판단된다. 지방세법 제109조제3항의 내용 중 정비사업의 시행으로 인하여 비과세되는 사업은 정비사업 중 주택재개발사업과 도시환경정비사업에 국한하였으므로 재건축사업은 비과세혜택이 없기 때문이다.(서울특별시세감면조례 제14조, 제15조).
가. 재건축조합의 취득세와 등록세
(1) 취득세
  건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 준공검사일, 준공검사 이전에 사실상 사용하거나 가사용 승인을 받는 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 가사용 승인일을 취득일로 본다. 그러므로 재건축조합의 경우에 준공인가를 받기 전 가취득세와 등록세의 과세표준은 다음과 같다.

  조합이 사업용 토지나 건물을 취득하면 그 취득일로부터 30일 이내에 취득가액의 2/100에 해당하는 취득세를 관할구청에 자진 납부하여야 하고 동 취득세와는 별도로 취득세액의 10/100을 농어촌특별세로 납부하여야 한다.
한편, 일반분양을 목적으로 하는 아파트 및 상가 등 건축물이 준공되면 이에 대한 취득세도 납부하여야 한다.
  조합이 취득 등기하는 토지(또는 대지권) 및 건축물에 대한 취득세 과세구분은 다음과 같다.

  취득세에는 취득세액의 10%에 해당하는 농어촌특별세가 함께 과세된다. 다만, 국민주택규모(전용면적 25.7평 이하)아파트에 대하여는 농어촌특별세가 바과세된다.

(2) 등록세
  조합은 일반분양분에 대하여 보존등기를 한 후에 일반분양자에게 이전등기를 해주어야 하므로 일반분양분에 대해서는 보존등기를 하여야 한다(8/1,000)
조합원에 분양되는 아파트는 조합원 앞으로 바로 보존등기를 할 수 있으므로 조합원 분양분에 대해서는 조합원 각자가 등록세를 납부하며(8/1,000), 조합은 등록세를 내지 않는다.

  등록세를 부과하는 경우에는 등록세의 20%에 해당하는 교육세가 함께 부과된다.

나. 조합원의 취득세와 등록세
(1) 취득세
  건축허가를 받아 건축하는 건축물의 취득일은 사용승인일이며, 사용승인일 이전에 사실상 사용하거나 가사용 승인을 받는 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 가사용승인일이 취득일이다. 납부기한은 사용승인일(가사용승인일)부터 30일 이내이며, 과세표준은 건축공사비와 기타 공사경비의 합계액으로 한다.

조합원이 취득·등기하는 건축물에 대한 취득세 과세구분은 다음과 같다.

  취득세에는 취득세액의 10%에 해당하는 농어촌특별세가 함께 과세된다. 다만 국민주택규모(전용면적 25.7평 이하)아파트에 대하여는 비과세된다.

(2) 등록세
  조합원은 건축주로서 건물준공시 원시취득하므로 조합원명의로 직접 보존등기를 하면 된다.

  등록세를 부과하는 경우에는 20%에 해당하는 교육세가 함께 부과된다.